A segunda fase do processo de elaboração da declaração foi iniciada pela Resolução 1919 da Assembleia Geral, de 10 de junho de 2003, que instou o Grupo de Trabalho a iniciar reuniões de negociação com a participação dos Estados-membros e da sociedade civil, visando a um consenso sobre o projeto de declaração. Essas negociações basearam-se em um novo texto revisado – o Texto Consolidado da Presidência do Grupo de Trabalho – e em propostas apresentadas por delegações dos Estados-membros e representantes indígenas, entre outros.
No âmbito dessas reuniões, tanto os membros estatais quanto os representantes indígenas puderam apresentar propostas relacionadas aos artigos que compõem o Texto Consolidado da Presidência, para consideração do Grupo de Trabalho. Esses debates foram conduzidos sem qualquer restrição quanto ao escopo das intervenções, proporcionando, assim, um espaço para que cada lado articulasse sua perspectiva e facilitasse o diálogo em torno de questões fundamentais. Algumas das questões mais importantes estão relacionadas à autodeterminação e aos direitos sobre terras, territórios e recursos . Durante esse processo, a Presidência foi responsável por acompanhar todas as propostas que estavam sendo ativamente consideradas pelo Grupo de Trabalho. As versões alternativas dessas propostas foram então refletidas nos documentos da sessão pós-negociação emitidos pela Presidência. Os termos ou expressões que não foram acordados por consenso foram apresentados nesses relatórios entre colchetes, para serem considerados em sessões futuras do Grupo de Trabalho.
Ao longo de todas essas negociações, o Centro defendeu consistentemente os direitos indígenas por meio de sólidos argumentos jurídicos e posições éticas coerentes. O Centro também desempenhou um papel fundamental no apoio a outras organizações e nações indígenas — como as Seis Nações e a Nação Navajo — na defesa de seus direitos e na busca de consenso. Nesse processo, apresentamos diversas propostas de redação alternativa ao longo dos anos.
No total, o Grupo de Trabalho realizou onze reuniões de negociação com base no Texto Consolidado da Presidência, em conformidade com a metodologia descrita acima. Esses desenvolvimentos culminaram na etapa final do processo: Revisões Finais .