A segunda fase do projeto de declaração do projeto de declaração foi iniciada pela Resolução 1919 da Assembléia Geral em 10 de junho de 2003, que instou o grupo de trabalho a iniciar as reuniões de negociação envolvendo a participação do membro estadual e da sociedade civil para encontrar consenso sobre o projeto de declaração. Essas negociações foram baseadas em um novo texto revisado - o texto consolidado do Presidente do Grupo de Trabalho - e as propostas enviadas pelas delegações membros do Estado e representantes indígenas, entre outros.
Dentro da estrutura dessas reuniões, os membros do estado e os representantes indígenas foram autorizados a enviar propostas relacionadas aos artigos que compreendem o texto consolidado do presidente para a consideração do grupo de trabalho. Esses debates foram realizados sem nenhuma restrição ao escopo das intervenções e, assim, forneceram um espaço para cada lado articular sua perspectiva e facilitar um diálogo sobre questões fundamentais. Algumas das mais importantes dessas questões estão relacionadas à autodeterminação e à terra, território e direitos de recursos . Durante esse processo, o Presidente foi responsável por acompanhar todas as propostas consideradas ativamente pelo grupo de trabalho. A linguagem alternativa dessas propostas foi então refletida nos documentos da sessão pós-negociação emitidos pelo Presidente. Esses termos ou frases que não puderam ser acordados por consenso foram mostrados nesses relatórios como texto entre colchetes, a serem considerados durante futuras sessões do grupo de trabalho.
Durante todas essas negociações, o Centro defendeu consistentemente os direitos indígenas por meio de um bom raciocínio legal e posições éticas consistentes. O Centro também desempenhou um papel importante em ajudar outras organizações e nações indígenas - como as Seis Nações e Navajo - em defender seus direitos e tentar facilitar o consenso. No processo, enviamos inúmeras propostas para um rascunho alternativo ao longo dos anos.
No total, o grupo de trabalho realizou onze reuniões de negociação com base no texto consolidado do presidente em conformidade com a metodologia descrita acima. Esses desenvolvimentos culminaram na fase final do processo: revisões finais .